CFTR Gen Mutasyonlarının Tespiti: Kapsamlı Dizi Analizi Yaklaşımı

Kistik fibrozis (KF), doğuştan gelen ve yaşam boyu süren bir hastalık olup, temel nedeni CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator) geninde meydana gelen mutasyonlardır. Bu hastalığın tanısında ve atipik vakaların doğru şekilde sınıflandırılmasında CFTR tüm gen dizi analizi günümüzde en kapsamlı ve güvenilir yöntemlerden biri olarak kabul edilmektedir.

CFTR Geni ve Kistik Fibrozis İlişkisi

CFTR geni, insan 7. kromozomunun uzun kolunda (7q31.2) yer almakta olup, klorid iyonlarının hücre zarları boyunca taşınmasını sağlayan bir protein kodlar. CFTR proteininin fonksiyon bozukluğu, özellikle solunum ve sindirim sistemlerinde mukus kıvamında artışa ve organ fonksiyonlarında bozulmaya neden olur. Kistik fibrozis, CFTR geninde meydana gelen mutasyonların sonucunda gelişir ve hastalığın şiddeti büyük ölçüde mutasyonun türüne ve etkilediği mekanizmaya bağlıdır.

Günümüze kadar 2000’den fazla CFTR varyantı tanımlanmış, ancak bunların yalnızca bir kısmının hastalıkla ilişkili olduğu doğrulanmıştır. Bu nedenle, hastalığın tanısında yalnızca bilinen birkaç mutasyonu araştırmak yetersiz kalabilir. CFTR geninin tamamının dizilenmesi, özellikle nadir varyantların ve yeni mutasyonların saptanabilmesi açısından kritik öneme sahiptir.

CFTR Tüm Gen Dizi Analizi Nedir?

CFTR tüm gen dizi analizi, CFTR geninin tüm ekzonik bölgeleri, ekzon-intron sınırları ve bazı düzenleyici bölgelerini kapsayacak şekilde, DNA dizisinin detaylı olarak incelenmesidir. Bu yöntem sayesinde:

• Bilinen hastalık yapıcı mutasyonlar,
• Yeni ve nadir varyantlar,
• Anlamı belirsiz varyantlar (VUS),
• Büyük delesyon ve duplikasyonlar (ek analizler ile desteklenerek) yüksek doğrulukla saptanabilmektedir.

Özellikle atipik kistik fibrozis tablolarında, şüpheli ter testi sonuçlarında veya taşıyıcılık taramalarında tüm gen dizi analizi yapılması, klinik doğruluğu artırmaktadır.

Kullanılan Yöntemler

CFTR tüm gen dizi analizinde birden fazla moleküler teknik bir arada kullanılabilir:

• Yeni Nesil Dizileme (Next Generation Sequencing, NGS): CFTR geninin tüm bölgelerinin paralel ve yüksek derinlikte dizilenmesini sağlar. Hem küçük baz değişimlerini hem de küçük delesyon/insersiyonları tespit eder.
• Sanger Dizileme: NGS ile saptanan varyantların doğrulanması amacıyla kullanılır. Ayrıca NGS erişiminin kısıtlı olduğu durumlarda doğrudan analiz yöntemi olarak da tercih edilebilir.
• MLPA (Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification): CFTR geninde büyük delesyon ya da duplikasyonların araştırılmasına yönelik tamamlayıcı bir yöntemdir.

Klinik Kullanım Alanları

CFTR tüm gen dizi analizi, çeşitli klinik senaryolarda önemli bilgiler sağlar:

• Kesin kistik fibrozis tanısı: Ter testi sınır değerlerinde çıkan veya klinik olarak uyumsuz hastalarda genetik doğrulama sağlar.
• Atipik kistik fibrozis formları: Hafif solunum veya sindirim semptomları gösteren hastalarda doğru tanıya ulaşmayı mümkün kılar.
• Taşıyıcı taramaları: Ebeveyn adaylarında veya ailesinde kistik fibrozis öyküsü bulunan bireylerde taşıyıcılık durumu belirlenebilir.
• Erkek infertilitesi araştırmaları: Konjenital bilateral vas deferens agenezisi (CBAVD) olgularında CFTR mutasyonlarının taranması klinik yaklaşımı yönlendirir.

Sonuçların Yorumlanması

Tespit edilen CFTR varyantları, uluslararası standartlara uygun olarak sınıflandırılır. ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) kriterleri doğrultusunda her varyant patojenik, muhtemelen patojenik, anlamı belirsiz (VUS), muhtemelen iyi huylu veya iyi huylu olarak raporlanır.
VUS saptanması durumunda, hastanın klinik bulguları ve aile bireylerine yönelik ek genetik çalışmalar yol gösterici olabilir.

CFTR Tüm Gen Dizi Analizinin Avantajları

Sonuç